随着政府采购行为的日益规范化，不少地方财政部门成立的“政府采购中心”等集中采购机构，因其机构的“特殊身份”带来的弊端逐渐地暴露了出来，有的已影响到了政府采购工作“公平、公开、公正”的原则立场，因此，对这类新型机构的设置很值得注意研究探讨，政府采购中心究竟应是属于何种性质的机构，怎样设置才能更具有科学性、合理性呢，对此，笔者认为：
首先，政府采购中心不能隶属于财政部门。财政部门作为本级政府采购工作的主管部门，要确保其监督工作的客观公正性，就不能既行使政府采购工作的管理职能，同时又实施采购业务的具体操作，否则，对采购工作的管理监督机制就会流于形式、名存实亡，这就要求财政部门与采购中心之间不能存在着任何性质的隶属关系，或其他经济利益关系，而在实际工作中，有不少的政府采购中心却就是由财政部门设立的，在其运行操作过程中，不能严格地按照政府采购操作规程办事的现象比比皆是，如，按规定，集中采购机关对采购项目实施“询价采购”方式采购时，就必须事先要得到财政部门的审核批准，然后才能实施操作，可在实际工作中，因政府采购中心与财政局机关同属于财政系统一家，甚至于有的还是一套人马两块牌子，很少有再履行这种监督审批手续的，这就势必削弱了政府采购工作的牵制监督效果，其客观公正性就会有可能受到一定程度的影响。
其次，政府采购中心必须是一个非营利性的事业组织。采购中心作为采购单位与供应商联系的桥梁，要保持其“公平、公开、公正”的立场，就必须与双方之间都没有任何性质的经济利益关系，而一旦采购中心是一个营利性的组织，就很难保证它在选择中标供应商时就没有权衡其自身利益最大化的“私心”，说不准它就会把采购工作作为其赚钱、盈利的手段，以至于产生各种违背政府采购宗旨的不法行为，在实际工作中，我们就发现有些独立核算、自收自支的政府采购中心，因其靠采购“节约额”来提取、分成收益，因而在其选择中标供应商时，就存在着种种偏向于以谁的价格“最低”就选谁的弊端，很少再考虑采购单位等部门的合法权益，这就势必会造成采购项目的质量达不到应有的标准、对采购消费单位的后续服务措施也难以达到事前的承诺等。
再次，政府采购中心必须要有独立的法人资格。集中采购机构有时要接收采购单位等的委托开展采购业务，免不了要与他们签订相关的委托协议，或受托与供应商签订有关合同等，这就要求其必须具有独立的法人资格，对自己的事业活动、商业行为等承担相应的风险，并依法承担不可推卸的经济、法律责任，而在实际工作中，有不少的政府采购中心却是挂靠在财政部门，根本就没有独立的法人资格，这样，如果发生经济诉讼纠纷，财政部门就会被推上法庭去应诉，不但扰乱了正常的财政工作秩序，而且，一旦采购中心的行为被判处败诉，财政部门就得承担上连带赔偿责任，使财政部门产生了不应有的经济损失等等。
最后，政府采购中心必须是一个具有严格的内部牵制约束机制的机构。政府采购中心是行使集中采购的具体操作机构，具有高度集中的商业行为，在其各个运行环节上均有可能涉及到商业秘密或信息等，因此，必须要有一套完善、规范的操作规程，使其各操作岗位之间具有一个严密的监督制约机制，如，采购活动的决策岗位与具体操作岗位之间就必须相互监督牵制、在采购经办人与采购合同审核岗位之间就必须相互分离制约，等等，以避免内控不严、牵制不力、责任不清等原因,导致不法分子乘虚而入,产生各种各样的腐败行为,扰乱了政府采购的正常工作秩序。 | 
