机关内设机构8个，分别是：办公室、人事科、政策法规科、综合规划科、财务审计科、建设管理科、综合运输科、安全监督科。

（一）办公室

（1）组织协调局机关工作，起草重要报告、综合性文件，承办局召开会议的组织工作；

（2）承办文秘、政务信息、督查、新闻宣传、机要、保密、接待、年鉴、信访、档案和值班工作；

（3）负责办公自动化管理工作；负责各县（市、区）交通运输局目标责任考核；

（4）负责局机关后勤行政管理工作；

（5）负责提案、议案的办理工作。

（二）人事科

（1）负责局属单位领导班子的建设和管理工作；

（2）承办局机关及局属单位的组织人事、劳动工资、体制、机构编制等工作；

（3）承办劳动用工、社会保险和职工福利等工作；

（4）承办局机关及局属单位技术职称评聘和职业技能鉴定工作；

（5）负责局机关及局属单位职工教育、职工培训；

（6）承办局机关外事工作；

（7）承担业务主管社会团体相关事务；

（8）指导全市交通运输人才队伍建设工作；

（9）负责局机关及局属单位离退休人员联络协调工作；

（10）负责局机关和局属单位及人员年度责任制考核；

（11）负责交通运输职业技术教育管理和交通职业技术培训工作。

（三）政策法规科（执法监督科）

（1）拟定全市交通运输行业发展政策、体制改革与结构调整方案并组织实施；

（2）承办交通运输规范性文件的起草工作；

（3）负责交通普法宣传教育；

（4）指导全市交通运输行业法治建设；

（5）承办相关行政审批，行政执法、行政复议、行政应诉和行政赔偿工作；

（6）负责交通运输行业行政执法行为监督；

（7）负责交通运输行业行政执法人员培训、行政执法证件资格审查、执法文书、执法车辆及服装的监督管理工作；

（8）承担交通运输综合行政执法工作的政策标准制定、监督指导、重大案件查处和跨区域执法的组织协调工作。

（四）综合规划科

（1）组织编制全市综合运输体系规划和发展战略，承担有关协调工作；

（2）组织起草公路、水路行业规划、中长期发展规划和专项规划；

（3）参与拟订物流业发展战略和规划，提出有关政策和标准；

（4）承担有关规划和建设项目可行性研究前期工作审核；

（5）提出我市交通运输有关专项资金投资政策、资金安排建议和预算，并监督实施；

（6）承担本行业招商引资工作；

（7）负责和指导交通运输行业统计、信息工作；

（8）指导交通运输枢纽和场站规划。

（五）财务审计科

（1）贯彻执行《会计法》《审计法》及国家有关各项法规和规章制度；

（2）制订局单位财务及审计管理的各项规章制度并监督执行；

（3）配合协助局及局属年度目标任务的制定与分解、编制下达事业财务计划并上报财政部门年度财务预算。负责具体审计项目的实施；确保内部审计、调查和检查报告的完整性、及时性、客观性和准确性，完成领导交办的其他工作,指导局局属财务活动；

（4）负责局及局属财务及审计管理、资金筹集、调拨和融通，制定资金使用管理办法，合理控制使用资金，做好市局交通运输行业内部审计工作；

（5）负责单位的资金管理，债权债务的管理及审计资料的立卷、收集和整理归档工作；

（6）负责单位年度财务决算工作，审核、编制上报有关财务报表，承担本单位局属企事业单位财务收支、预算内外资金、固定资产投资项目、交通基础设施建设资金使用等行业内部审计工作并进行综合分析；

（7）负责单位会计电算化管理工作，制定相关规章制度，保证会计信息真实、准确和完整；

（8）负责财务会计凭证、账本报表等财务档案的分类整理和移交档案；

（9）负责预警提示及时向领导反馈单位资金运行提示，配合外部审计工作；推广审计成果应用；

（10）争取做好领导管家并完成领导交办的其他任务。

（六）建设管理科

 （1）组织拟订交通基础设施建设、维护相关政策、制度并监督实施；

（2）承担公路、水路建设市场监管工作，维护公路、水路建设市场的平等竞争秩序；

（3）承担公路、水路工程设计审批、施工许可、工程造价、质量监督、竣工验收；

（4）指导公路、水路交通安全设施建设工作；

（5）参与公路、水路年度计划和中长期发展规划的拟订工作；

（6）参与质量安全事故调查工作；指导农村公路建设工作。

（七）综合运输科

（1）参与拟订全市综合运输体系发展战略和规划，承担综合运输体系建设与发展的协调工作;

（2）承担全市道路(含城市公交客运、出租)和水路运输市场监管，指导全市道路、水路运政管理工作，拟订相关政策、制度和标准并监督实施;

（3）组织拟订全市交通运输行业治理超限超载工作计划、制度并监督实施；

（4）负责渔船检验和监督管理工作。

（八）安全监督科

（1）监督实施公路、水路安全生产应急预案；

（2）指导全市交通运输行业安全生产和应急处置体系建设；

（3）承担农村公路基础设施建设和公路、水路运输的安全监督管理工作；

（4）依法组织或参与有关事故调查处理工作；

（5）组织协调国家重点物资运输和紧急客货运输；

（6）承担相关行政审批事项的业务审核工作，指导全市交通防汛、防疫、防震、消防等工作，协调全市突发公共事件交通运输保障工作。